Nilai penting lain dari Pelabuhan Makassar adalah sebagai bandar singgah internasional. Itu sebabnya VOC pada 1609 berniat mendirikan kantor dagang di sini. Namun keinginan tersebut berhasil dihalangi Raja Gowa yang bekerjasama dengan pedagang Inggris, Perancis, Denmark, Spanyol, dan Portugis.
Di masa itu, sering terjadi perebutan kekuasaan di kalangan bangsawan tinggi Makassar untuk menjadi penguasa Gowa. Namun, dalam kondisi tak tentu itu, fungsi Pelabuhan Makassar tidak pernah berubah. Siapapun yang berkuasa di Istana Gowa tetap mempertahankan keberadaan Pelabuhan Makassar sebagai bandar internasional.
Tahun 1660, saat VOC datang dengan kekuatan 30 kapal menyerang Gowa. Sultan Hasanuddin, sebagai Raja Gowa dipaksa menandatangani persetujuan perdamaian dengan VOC. Tetapi, permusuhan terus berlanjut hingga ditandatangani Perjanjian Bongaya pada 18 November 1667. Kesepakatan ini ternyata tidak menyurutkan Sultan Hasanuddin menentang kolonialisasi Belanda. Perang Makassar itu berakhir saat disepakati penandatanganan ulang di Binangga pada 28 Juli 1699.
Sejak saat itu, Kerajaan Gowa menyempit kekuasaannya. Ia kembali menjadi kerajaan agraris dan tidak memiliki pesisir lagi. Pelabuhan Makassar sepenuhnya dikuasai VOC yang memonopoli perniagaan. Pamor kejayaan Pelabuhan Makassar sebagai pelabuhan bebas pun mulai pudar. ***
