Pada masa pemerintahannya. Pangeran Jayakarta membuka luas pintu perdagangan bagi berbagai bangsa seperti pedagang dan saudagar dari negeri Keling, Bombay, Cina, Belanda, Inggris, Gujarat, Abesina, Persia, Arab serta bangsa-bangsa dari kawasan Asia Tenggara. Sementara dari kawasan Nusantara sendiri, Bandar Jayakarta telah ramai dikunjungi dari Aceh, Tidore, Ternate, Hitu, Kepulauan Maluku, Tuban, Demak, Cirebon, Banten dan sebagainya. Diberitakan, bahwa beras, ikan, sayur-mayur, dan buah-buahan banyak diperdagangkan. Juga tuak yang dijual dalam tempayan-tempayan besar.
Pelabuhan Sunda Kelapa menjadi sumber pendapatan yang sangat penting bagi Jayakarta. Bandar Kelapa yang tadinya hanyalah sebuah kota pelabuhan yang pemerintahannya dikendalikan oleh Kerajaan Padjajaran yang beribukota di Pakuan, telah berkembang menjadi sebuah kota yang memiliki pemerintahan sendiri. Kota Jayakarta yang didirikan di tepi Sungai Ciliwung ini memiliki pola tata kota seperti pusat kerajaan-kerajaan Islam di Jawa. Alun-alun, keratin (dalem), masjid, pasar, kampong Angke, dan kampong Cina yang diperkuat oleh pagar kayu sebagai garis pertahanan kota. Di muara Sungai Ciliwung terdapat loji Belanda, Nassau dibangun pada 1610 dan Mauruitus dibangun 1617. Sementara di tepi barat Sungai Ciliwung terdapat loji Inggris yang dibangun pada 1618. Di tempat itulah terletak kantor syahbandar yang mengatur keluar masuknya perahu-perahu dari dan ke Ciliwung. Tempat itu kini dilokalisir di Pasar Ikan. ***
